Mit einem hohen Anteil (ca. 60%) an landwirtschaftlichen Flächen in der Flussgebietseinheit Weser stellt die Nährstoffbelastung eines der Hauptprobleme dar. Maßnahmen z.B. zur Reduzierung von Nährstoffeinträgen  werden bereits seit vielen Jahren durchgeführt. Die Agrarpolitik der EU wird mehr und mehr den Anforderungen eines nachhaltigen Natur- und Gewässerschutzes angepasst. Dabei sollen die Erfahrungen aus den Pilotgebieten in den Diskussionsprozess der EU-Agrarpolitik eingebunden werden.

Die Geschäftsstelle beteiligt sich seit 2005 an einer Arbeitsgruppe zum Erfahrungsaustausch zwischen den Pilotflussgebieten unter der Leitung des Joint Research Center (JRC). Der Endbericht der Phase II "Experiences in Analysis of Pressures and Impacts from Agriculture on Water Resources and Developing a related Programm of Measures" fasst die Beiträge der Pilotflussgebiete zu den Themenschwerpunkten Nährstoffbelastung, Pestizidbelastung, Wassernutzung und -menge, Sedimente, Habitatverlust und physikalische Veränderungen zusammen und gibt Hinweise für das Maßnahmenprogramm.

In der derzeitigen Phase III werden Workshops durchgeführt zu den Themen: Maßnahmenauswahl und -evaluierung, Erstellung und Umsetzung des Bewirtschaftungsplanes, Einbindung der Landwirtschaft, Nährstoffbelastung, Wasserknappheit und Klimawandel.

Zusätzlich unterstützen die Pilotflussgebiete die Erarbeitung eines EU-weiten Katalogs landwirtschaftlicher Gewässerschutzmaßnahmen, der künftig eine Entscheidungshilfe bei der Erstellung der Maßnahmenprogramme bieten soll. Informationen zu den Workshops und den Maßnahmenkatalog finden sich auf der Website des JRC.

Verschiedene regionale Pilotprojekte behandeln das Thema Landwirtschaft.