Die Vielzahl und ökologischen Besonderheiten der heimischen Fischarten gehören zu den bemerkenswerten Charakteristika eines Flusseinzugsgebietes. So wurden in den Fließgewässern der Flussgebietseinheit Weser inklusive des Bereichs der Unter- und Außenweser in den vergangenen 25 Jahren insgesamt 116 Fisch- und Rundmaularten (Neunaugen) nachgewiesen! Über 50 % dieser Arten gehören zu den marinen Fischarten. 37 Süßwasserarten konnten durch historische Belege als ursprüngliche Fischfauna der Flüsse und Bäche identifiziert werden. Die übrigen 12 Arten traten erst nach 1900 oft vereinzelt auf und gelten daher als Neubesiedler (Neozoen). Zur Charakterisierung der Fischfauna in der FGE Weser wurde eine Dokumentation der Fisch- und Rundmaularten in der Flussgebietseinheit Weser erstellt.

Besonders faszinierend sind für viele Menschen die Langdistanzwanderfische, benötigen sie doch durch für ihren Lebenszyklus sowohl die marinen Lebensräume der Ozeane als auch die Bäche und Flüsse mit ihrem klaren Süßwasser. Schon im Jahre 1996 sind zur Wiederansiedlung erste Grundsätze in einer Broschüre veröffentlicht worden. Für 11 Wanderfischarten gibt es aktuelle Nachweise. Lediglich vom Atlantischen Stör sind nur historische Vorkommen bekannt. Andere Arten verbinden die notwendigen Lebensräume zum Laichen, Übersommern oder Überwintern und wandern viele Kilometer innerhalb eines Flusses (potamodrome Wanderfische).

Viele Wanderfischarten unterliegen aufgrund ihrer bedrohten Populationen und ihrer spezifischen Verbreitung dem besonderen Schutz durch die Europäische Fauna-Flora-Habitatrichtlinie. Die langfristige Erhaltung und Entwicklung ihrer Populationen in den gemeldeten FFH-Gebieten müssen Laich- und Aufwuchshabitate und die Durchgängigkeit der Wanderrouten mit einbeziehen. Sie erfordern daher ein länderübergreifendes Handeln, welches durch die Umsetzung der Europäische Wasserrahmenrichtlinie unterstützt wird.