In der Flussgebietsgemeinschaft Weser werden seit dem 1. Januar 1979 in der Weser, Werra und Fulda Untersuchungen zur Wasserbeschaffenheit nach einem sich dynamisch entwickelnden Messprogramm Weser durchgeführt.

Das Programm zur Qualitätsüberwachung Weser 2010 bis 2015 wurde erstmals für einen Fünfjahreszeitraum (vorher jährliche Festlegung) aufgestellt. Es basiert einerseits auf den Ergebnissen des Messprogramms Weser der letzten Jahre, wurde aber auch an die Anforderungen der EG-WRRL angepasst.

Das Messnetz setzt sich aus 10 festen Messstationen des Grund- und Nebenmessnetzes und aus zusätzlich fast 100 Messstellen des Flächenmessnetzes zusammen. Die fünf Messstellen des Grundmessnetzes beinhalten jeweils eine Messstelle aus jedem Bundesland (Ausnahme Thüringen) sowie die Möglichkeit, die Verhältnisse in den Quellflüssen und der Aller abzuschätzen. Die fünf Nebenmessstellen werden nicht auf den gesamten Parameterumfang des Messprogramms untersucht und dienen zur Vervollständigung der Datengrundlage. Das Flächenmessnetz umfasst zusätzlich fast 100 auf das gesamte Einzugsgebiet der Weser verteilte Messstellen.