In der Flussgebietseinheit Weser wurden erstmals 2007 auf Basis der Auswertung der Gewässerbelastung im Rahmen der Bestandsaufnahme die überregionalen Handlungsfelder für die Flussgebietseinheit Weser abgeleitet:

• Die Verbesserung der Gewässerstruktur und Durchgängigkeit,
• Die Reduzierung der anthropogenen Nährstoffeinträge sowie
• Die Reduzierung der Salzbelastung der Werra und Weser.

Weiterhin haben sich aufgrund der Auswertung aktueller Monitoringdaten sowie der Auswertung von Stellungnahmen im Rahmen der Öffentlichkeitsbeteiligung zwei weitere überregionale Handlungsfelder abgezeichnet:

• Die Reduzierung anthropogener Schadstoffeinträge sowie
• Die Auswirkung der Folgen des Klimawandels auf alle genannten Wasserbewirtschaftungsfragen.

Diese fünf Handlungsfelder sind im Sinne der EG-WRRL gleichbedeutend mit den sogenannten wichtigen Fragen der Gewässerbewirtschaftung. Sie wurden im Rahmen der Berichterstattung im Dezember 2013 aktualisiert und ausführlich beschrieben. Dieses Dokument gehörte zu den Anhörungsdokumenten der EG-WRRL und lag ein halbes Jahr zur Stellungnahme aus. Das Dokument mit den eingearbeiteten Stellungnahmen wurde Ende 2014 veröffentlicht.